Source : Cet article a été rédigé par Leyton, cabinet de conseil spécialisé dans l’optimisation des charges sociales et fiscales. Nos équipes accompagnent les DRH et DAF dans l’analyse et la sécurisation de leurs enjeux sociaux.
Réforme des arrêts de travail, impact sur les IJSS, obligations RH et fiscales : tout ce que les entreprises doivent anticiper avant le 1er septembre 2026.
Pour aller à l’essentiel :
• Entrée en vigueur : 1er septembre 2026
• Nouveau plafond : 31 jours maximum pour un premier arrêt maladie
• Prolongation : 62 jours maximum
• Texte de référence : décret publié au Journal officiel le 13 juin 2026, issu de la loi de financement de la Sécurité sociale 2026
• Impact direct : recouvrement des IJSS, gestion des absences, charges sociales
Pourquoi une réforme des arrêts maladie en 2026 ?
L’absentéisme au travail constitue l’un des enjeux les plus complexes auxquels font face les entreprises françaises. Sans qu’il en existe une définition juridique unique, l’absentéisme désigne l’absence répétée ou prolongée et non anticipée d’un salarié. Ces absences couvrent aussi bien des arrêts de travail de longue durée, des arrêts fréquents sur des courtes périodes, que des absences injustifiées.
Chloé Gudin, Senior manager chez Leyton, experte du recouvrement de l’absence nous explique : «Toutes les organisations, quelle que soit leur taille ou leur secteur d’activité, peuvent être confrontées à des volumes significatifs d’absences de moyenne ou longue durée. L’enjeu est double : économique, par son impact sur la productivité et l’organisation du travail, et humain, en exposant certains salariés à un risque réel de désinsertion professionnelle.»
Face à la progression du coût des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) pour les finances publiques, le législateur a introduit pour la première fois un plafond légal de durée pour les arrêts maladie.
Ce que prévoit le décret du 13 juin 2026 sur les arrêts maladie
Publié au Journal officiel le 13 juin 2026, le décret fixe des durées maximales d’arrêt de travail qui entreront en vigueur le 1er septembre 2026 :
Le projet initial du gouvernement prévoyait un plafond de 15 jours pour un premier arrêt prescrit en ville, et de 30 jours à l’hôpital. Les députés ont finalement voté en faveur d’un délai unifié d’un mois dans les deux cas, et ont choisi d’inscrire cette durée dans la loi plutôt que de la laisser à la discrétion de l’exécutif.
Qui est concerné par les nouveaux plafonds des arrêts maladie ?
Ces plafonds s’appliquent à l’ensemble des professionnels de santé habilités à prescrire des arrêts de travail : médecins généralistes, médecins spécialistes, sages-femmes et chirurgiens-dentistes.
Côté entreprise, les services RH, paie, finance et les employeurs pratiquant la subrogation seront directement concernés par l’adaptation des processus de suivi.
Arrêts maladie 2026 : ce qui reste inchangé
Céline Velasquez-Martinez, manager experte de l’externalisation de l’absence chez Leyton, indique que «le plafond de 360 jours d’indemnités journalières sur une période de 3 ans reste inchangé. Les assurés continuent d’y être soumis».
Néanmoins, prévient-elle, «des exceptions restent possibles : lorsque l’état de santé du patient le justifie, le médecin conserve la possibilité de prescrire au-delà des plafonds réglementaires. Ces situations dérogatoires devront être dûment motivées.»
La fin des arrêts maladie sans plafond légal de prescription
Jusqu’au 31 août 2026, aucune durée maximale légale n’encadrait la prescription d’un arrêt maladie. Des recommandations existaient pour certaines pathologies, sous forme de durées indicatives, mais elles n’avaient aucune portée contraignante.
Arrêts maladie, quel impact pour les entreprises ?
1. Un impact direct sur le recouvrement des IJSS
C’est l’impact le plus direct pour les services RH et Finance. Le recouvrement des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) est étroitement lié aux cycles d’arrêt de travail.
Nos expertes, spécialistes de l’absence, observent : «Des arrêts plafonnés à 31 jours entraîneront mécaniquement une fragmentation des dossiers». Les prolongations devront être prescrites séparément, générant un découpage administratif qui modifie le rythme de remboursement des IJSS. En pratique, cela signifie :
• Des délais de remboursement potentiellement décalés entre la première prescription et la prolongation
• Une multiplication des dossiers à suivre pour les équipes RH
• Un risque accru d’erreurs ou de ruptures dans la chaîne de la subrogation
2. Une gestion des absences plus fragmentée
Par ailleurs, Chloé Gudin, senior manager payroll, avertit : «Les entreprises, qu’elles pratiquent ou non la subrogation, vont voir leurs étapes administratives démultipliées. Par exemple, un arrêt de 45 jours fera l’objet d’une première prescription de 31 jours, puis d’une prolongation, ce qui implique un doublement de toutes les étapes administratives liées à la gestion de l’absence par le service RH.»
3. Charges sociales et masse salariale : quels effets anticiper ?
Enfin, la spécialiste du recouvrement prévient : «La réforme peut également affecter les provisions pour absences et le calcul du coût global de l’absentéisme». Les directions financières gagneront à réévaluer leurs modèles de projection en intégrant ce nouveau cadre réglementaire.
Comment les entreprises peuvent anticiper avant le 1er septembre 2026 ?
À court terme (avant le 1er septembre 2026)
• Informer les managers et les équipes RH des nouvelles règles afin d’éviter les incompréhensions lors de la gestion des prolongations
• Mettre à jour les outils de gestion des absences (SIRH, tableaux de bord) pour distinguer première prescription et prolongation
À moyen terme
• Cartographier l’impact sur la masse salariale en simulant les scénarios d’absentéisme les plus fréquents dans votre organisation
• Sécuriser le recouvrement des IJSS en auditant les dossiers en cours et en cours d’ouverture
• Former les gestionnaires paie aux nouvelles règles de prescription et à leurs conséquences sur le remboursement
Arrêts maladie 2026 : les points à retenir pour les entreprises
La réforme du 1er septembre 2026 introduit pour la première fois un cadre légal sur la durée des arrêts maladie. Si l’objectif affiché est de maîtriser les dépenses de la Sécurité sociale, les conséquences pour les entreprises sont bien réelles : multiplication des dossiers du fait de la fragmentation des arrêts, modification des cycles de remboursement des IJSS, adaptation des processus RH et paie.
Les organisations qui anticipent dès maintenant auront une longueur d’avance pour sécuriser leur recouvrement et optimiser la gestion de leurs charges sociales.
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